بر اساس دورنما و چشم انداز موسسه و در راستای حرکت به سمت مرجعیت علمی، متولیان موسسه در نظر دارند عمده پژوهش های این موسسه برآمده از بنیان های نظری و معرفتی در همین موسسه باشد. بر این مبنا در حال حاضر موسسه مطالعاتی شیخ بهایی ضمن انجام پژوهش های تقاضا محور که عمدتا کارفرمای دولتی یا نهادهای عمومی دارند، در حال مطالعه عمیق بر چهار موضوع با عناوین «اندیشه فرازگرایی اعتدالی در معماری و شهرسازی ایران» ،  «صنعتی سازی ساختمان»، «هوش محیطی» و «بازسازی از طریق بازسازی» است. جهت تحقق این موضوعات نظری، پروژه های کاربردی و اجرایی متعدد در دست تعریف و انجام است.